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健康への貢献遺伝子データベース  "Database for Genes Contributing to Human Health"

 (終了) 第1回 医療におけるゲノム解析担当者を育てるための実習を主とした講習会
 (終了) 第2回 医療におけるゲノム解析担当者を育てるための実習を主とした講習会

テーマ

抗生物質
健康に貢献するテーマをこちらで表示。

データベース概要

健康への貢献を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング(メタゲノム解析)で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない1700万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試みています。
 ご興味を持って頂いた方が、ご自宅からでも参加可能な丁寧なテキストを用意しています。このテキストを用いれば、高機能なコンピュータが無くても、特定の酵素や遺伝子、それらに関連する遺伝子類に関して、膨大な環境由来ゲノム(メタゲノム)配列データからの探索が可能 となります。学生が発掘した遺伝子群や、皆様が発掘された遺伝子群に関して、相互に情報交換を持ちながら知識発見を行い、集合知の形成を目標に 学生の個人名や皆様のお名前入りで、公開を行っています。

データの概要

 多様な環境中で生息する大半の微生物類は培養することが困難なため、通常の実験的な研究がなされておらず、膨大なゲノム資源が未開拓に残されてきた。最近、これらの培養が困難な微生物類ゲノムDNA混合物を、環境試料から培養過程を経ずに直接に抽出し、混合ゲノムを対象にしてショットガンシークエンスを行い大量なゲノム断片の塩基配列決定を行うメタゲノム解析法が開発され普及している。メタゲノム解析によって得られたメタゲノム配列データの中には新規な遺伝子類を豊富に保有するとみられ、科学的のみならず産業的にも注目を集めており、米国を中心にメタゲノム解析が急速に普及してきている。現在、国際塩基配列データベース (DDBJ/EMBL/Genbank, INSDC) においても、1700万件を越える環境由来のメタゲノム配列が登録されているが、それらのメタゲノム配列データの大半が、機能に関する記述なしに収録されている。
 これらの機能に関する記述なしに、従って利用価値が低いままに、国際塩基配列データベースに収録されている、1700万件を超える膨大な環境由来のメタゲノム配列に着目し、この中からコンピュータプログラムやインターネット上に公開されている情報資源を駆使して、ヒトの健康に役立つ可能性のある遺伝子の候補を探索し、「健康への貢献遺伝子データベース」として公開したものである。具体的には、花粉症治療薬・高血圧治療薬・骨粗鬆症予防薬・抗癌剤・アトピー性皮膚炎治療薬 等の生合成に役立つ可能性のある遺伝子やタンパク質の候補を探索し、既に5,000件を超える遺伝子類の候補を登録している。
このデータベースは、書き込みを可能とし、集合知の形成が可能となるモデルとしてのデータベースとなることを目指している。興味を持って頂いた他大学の学生や若手研究者,企業の研究者並びに一般の方にも自由に書き込みを頂き、複数の方が同じテーマで同じメタゲノム配列データを特定したものについては、高い専門知識をお持ちのシニア世代の先生方にキュレーションをして頂くことを開始している。

チュートリアル

データベースへの新規データの登録手順、操作方法はこちら

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