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持続可能型社会への
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持続可能型社会への貢献遺伝子データベース "Database for Genes Contributing to Sustainable World"

テーマ

持続可能型社会に貢献するテーマを下から選択して下さい。

PCB分解  CO2固定  農薬分解  バイオエタノール  環境ホルモン分解  石油分解
土壌浄化  重金属除去  ダイオキシン分解  プラスチック分解  有機リン除去  水質浄化
硝酸性窒素除去  光化学スモッグ Biohydrogen PAH分解
 ・全テーマの一覧はこちら
    既知遺伝子
    新規探索遺伝子候補

 ・データの検索:キーワードや登録者の名前などの情報からデータを検索できます。
 ・画面左のメニューの下にある 検索 にキーワードを入れて簡易に検索することも出来ます。
 ・新規データ登録ページから新たなテーマに関するデータを登録することも出来ます。

データの検索

本データベースに登録されている 「既知遺伝子」 並びに 「新規探索遺伝子候補」 を、遺伝子名や登録者などの自由なキーワードによる検索ができます。

データベース概要

自然環境の浄化や保全に役立つ、広い意味では「持続可能型社会の実現に貢献できる可能性を持つ遺伝子」を想定して、世界で進行している環境生物試料に関する大規模シークエンシング(メタゲノム解析)で得られた大量な塩基配列を対象に、公的データベースにおいて未だ機能が特定されていない500万件以上の遺伝子候補に着目して、想定した遺伝子の探索を試みています。
 これは、文部科学省の「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業」の人材養成プログラムの活動の一環として、長浜バイオ大学の学部教育における情報科学実習等を通じて、「持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築」を、2007年6月から開始しているものです。
 ご興味を持って頂いた方が、ご自宅からでも参加可能な丁寧なテキストを用意しています。このテキストを用いれば、高機能なコンピュータが無くても、特定の酵素や遺伝子、それらに関連する遺伝子類に関して、膨大な環境由来ゲノム(メタゲノム)配列データからの探索が可能 となります。学生が発掘した遺伝子群や、皆様が発掘された遺伝子群に関して、相互に情報交換を持ちながら知識発見を行い、集合知の形成を目標に 学生の個人名や皆様のお名前入りで、公開を行っています。

データの概要

 多様な環境中で生息する大半の微生物類は培養することが困難なため、通常の実験的な研究がなされておらず、膨大なゲノム資源が未開拓に残されてきました。最近、これらの培養が困難な微生物類ゲノムDNA混合物を、環境試料から培養過程を経ずに直接に抽出し、混合ゲノムを対象にしてショットガンシークエンスを行い大量なゲノム断片の塩基配列決定を行うメタゲノム解析法が開発され普及しています。メタゲノム解析によって得られたメタゲノム配列データの中には新規な遺伝子類を豊富に保有するとみられ、科学的のみならず産業的にも注目を集めており、米国を中心にメタゲノム解析が急速に普及してきています。現在、国際塩基配列データベース (DDBJ/EMBL/Genbank, INSDC) においても、500万件を越える環境由来のメタゲノム配列が登録されていますが、それらのメタゲノム配列データの大半が、機能に関する記述なしに収録されています。
 これらの機能に関する記述なしに、従って利用価値が低いままに、国際塩基配列データベースに収録されている、500万件を超える膨大な環境由来のメタゲノム配列に着目をして、この中からコンピュータプログラムやインターネット上に公開されている情報資源を駆使して、環境の浄化や保全に役立つ可能性のある遺伝子の候補を探索し、「持続可能型社会への貢献遺伝子データベース」として、ここに公開をしました。具体的にはバイオエタノール生産,環境ホルモン分解重金属除去PCB分解CO2固定,等に能力を発揮できる遺伝子やタンパク質の候補を探索し、既に6,000件を超える遺伝子類の候補を登録しています。バクテリアの完全長ゲノム配列(completeゲノム)を対象にして探索するよりも、環境由来メタゲノム配列を対象に探索をかけるほうが、同等もしくはより多く、目的の機能を持つ可能性のある遺伝子類が見出されることが分かってきました。
 このデータベースは、書き込みを可能とし、集合知の形成が可能となるデータベースです。興味を持って頂いた多くの皆様に参加頂くことを歓迎いたします。
  〜あなたも 持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築に参加してみませんか?〜

チュートリアル

データベースへの新規データの登録手順、操作方法はこちら

新規データ登録ページ

データベースへのデータ登録はこちら。

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※全く関係の無いテーマや、悪意のあるデータの登録,コメントの書き込みにつきましては、管理者の判断にて削除させていただきます。


添付ファイル: filek_2008既知遺伝子集計.xls 385件 [詳細] filek_まとめ様式_例.ppt 359件 [詳細] fileK参考資料_バイオエタノール.ppt 337件 [詳細] file2011.pdf 1028件 [詳細] file_遺伝子探索高校実習テキスト2009年11月版.pdf 1649件 [詳細]