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 「皆様が興味を持つテーマ(環境改善や健康貢献に有用な遺伝子類を、機能情報のほとんどないままに眠っている膨大な環境由来の混合ゲノム断片配列データから探索することが出来ます。」

■興味を持っている遺伝子類の探索手順(本データベースからの探索)
 手順を動画でご案内→(統合TV)http://togotv.dbcls.jp/movie/080715o­rffinder_f.html

■探索手順の概要(新規探索) (詳細なテキスト類は、こちら → ”テキスト” をクリックして、ダウンロードして下さい。)

持続可能型社会の実現に、貢献が期待できる可能性を持つ遺伝子やタンパク質の候補を探します。
(使用サイト等:Google,ライフサイエンス辞書、NCBI Pub Med,専門誌や書籍)
得られた遺伝子やタンパク質の英語名をKey Wordとして、既知のアミノ酸配列を取得します。 (使用サイト:DDBJのARSA)
※ ここまでで、レポートの様式1を作成するとよいでしょう。
取得したアミノ酸配列と環境由来DNA配列に存在するタンパク質候補との配列相同性検索を行う。環境由来DNA配列の中に目的の遺伝子やタンパク質と類似な配列が存在するかどうかを調べます。
(使用サイト:NCBI tblastn  データベース設定environmental.seq)
相同性検索でヒット(発見)した環境由来DNA配列を取得します。
(使用サイト:NCBI)
取得したDNA配列について、遺伝子領域を確定しアミノ酸配列を取得します。
(使用サイト:NCBI ORF finder )
確定した遺伝子領域のアミノ酸配列から、生物種由来を推定します。どの微生物種と近いかを調べ、既知微生物との類縁関係を見ます。取得したDNA配列を持つ生物種そのものが推定できる訳ではないことに注意して下さい。
(使用サイト:NCBI protein blast (blastp) )
レポート(所定様式有り。様式1と様式2の2種類。)を作成します。これをもとに新規データ登録画面より、データを登録出来ます。

それぞれの操作で、いま何の作業をしているのか、目的や使用しているデータの形式等を、よく理解しながら進めるようにしましょう。
また、バイオ関連の用語についての検索は、次のサイトなどが便利です。
● jabionの用語辞書 http://www.bioportal.jp/BioTerms/
● ライフサイエンス辞書 http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/se­rvice/weblsd/index.html

データベース操作説明

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持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの操作説明です
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